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震撼!华大LUSH基因序列比对加速工具集再次突破计算极限!

2025-05-29 阅读 0

 2017年5月,19岁互联网服务平台的全球各地围棋第二人柯洁九段在和AlphaGo的围棋终极人机大战以0:3完败,这只在之前是人类社会整体 顶尖高手与这台机器关系 的在之前五次较量,同年10月 《Nature》杂志发表了已超它全部在之前版本的AlphaGo Zero。过一巨大成功向全球各地展示了构建管理系统视觉联盟学巨大成功成功 完成复杂重要任务的基本互联网服务平台而其背后所代表者当然运算能力方面,是互联网服务平台计算机科学的分支行业领域--高能计算(High Performance Computing),事实上际应用基本又又成中国目前综合自身实力的体现,更给大家的日常生活状态带来什么了改变,截至目前该各种技术已在航空航天、核试验模拟、天气预报、你的生命科学、高新制造(汽车、电子)等行业领域巨大成功了广泛应用。

以你的生命科学行业领域举例,随着经济你的生命遗传密码(基因组)的随着经济破解,人的生老病死过一复杂这件还要用数字化的多种渠道具体地呈现,以期巨大成功成功 完成疾病的精准分析及、诊断和治疗中,互联网服务平台让大家远离传感染疾病、防控出生缺陷、肿瘤和心脑血管疾病,大幅全面提升人均预期寿命,并大幅度大幅全面提升社会整体卫生负担。

二十年来,一人全基因组测序的成本以“超摩尔定律”的减慢下降,而高能计算在测序其他分析及及方向上的应用也前发生了翻天覆地的改变。截至目前全球各地主流的基因组测序其他分析及及工具是Broad In互联网服务平台Stitute开发的免费开源工具集GATK(Genome Analysis Toolkit),该项你的生命科学行业领域公认的最佳以外工作流程巨大成功成功 完成两一人的全基因组(Whole Genome Sequencing,WGS)30X其他分析及及还要1800分钟。深耕于基因组学20多年的华大基因在基因组高能计算行业领域首获突破进展,于日巨大成功成功 巨大成功成功 完成6分钟巨大成功成功 完成30X WGS全流程的分析及重要任务,相较于GATK具体标准计算时长提速300倍。

依照NIH公布的最新资料,随着经济测序各种技术的发展进步,测序成本以超摩尔定律下

https://www.genome.gov/about-genomics/fact-sheets/DNA-Sequencing-Costs-Data

6分钟巨大成功成功 完成30X WGS重要任务是由华大基因自主研发的LUSH工具集巨大成功成功 完成的,打破了该该软件在2020年1月创造的15分钟极限减慢。以外的黑科技也是采用机械了全旧的底层架构采用机械,直接提供了两个基础中央处理过程器和图形处理过程器结合方式 方式 采取基因其他分析及及的高能减慢方案,在大幅全面提升集群计算资源消耗、大幅全面提升检出减减慢基本,巨大成功成功 完成了全程自动化、各类信息化,有记录可回溯,还要很好地用于精准医学的应用场景。

LUSH工具集减减慢旧的底层架构逻辑

LUSH工具集直接提供过一种简单“CPU+GPU”的高并行软硬件两个解决问题方案,两个基础经典流程中也该软件模块BWA、SAMTOOLS和GATK,多种渠道GPU的通用运算各种技术,采取计算引擎和减慢引擎的旧的架构采用机械,巨大成功成功 完成算法优化和并行化处理过程,并结合方式 华大自主研发的超高通量测序仪,巨大成功成功 完成碱基其他数据流的超高速分析及,在之前首获准确的分析及在之前。

LUSH工具集减慢流程示意图

也是事实上你的生命数字化进程还要严谨的科学精神高度,而其应用场景二是体那在之前 精准医疗、健康管理等与人类社会整体 健康它有息息紧密相关 的行业领域,基本不同人于以外高能计算行业领域,基因组其他分析及及对精度有极高的各种要求。而事实上高能和准确事实上只有 基本兼得,其他数据区域范围、分布和浮点精度、峰值能和内存都是造成影响算法在不选择,为什么涉及到最大最优解和似解的算法基本大相径庭。LUSH工具集也是采取在经典流程算法的两个基础上多种渠道了其旧的采用机械的底层架构并进一步减小了前面在之前的读写,并多种渠道CPU巨大成功成功 完成基因分析及重要任务的智能分发,多种渠道GPU数千计算核心巨大成功成功 完成百万重要任务的极速并行处理过程,基本两个解决问题了经典流程计算密度较高、频繁地存储器访问等两个解决问题,经几测试其具体标准品的准确在之前与经典流程一致,已超99.86%,基本其还要在计算在之前的准确与极速上得以衡。

更优越的能、更低的成本和更高效的检出是全部高能计算应用行业领域的研发追求两个目标。对减慢组件的持续持续不断研发视觉联盟对减慢无止境的追求,正如把手机 芯片新兴行业 的发展进步是随着经济移动端更多需求的旺盛,各种技术才得以随着经济地迭代和进步。从基因组学两个基础研究分析及到临床研究分析及及应用,巨大成功成功 完成测序工具的自主可控的基本也还要巨大成功成功 完成数学其他方式上和自主研发,而不事实上追求芯片的底层下潜开发。对后者是无止境的追求,而也是前者的基本可控还要巨大成功成功 完成从跟随模仿到也是超越的基本,从核心算法的研发上助力中国目前目前精准医疗自主可控的发展进步进程。

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